Первая и древнейшая церковь в Нововоторжском Борисоглебском монастыре была каменная, с одним престолом.
Сооружена она была в 1038 году во имя святых благоверных князей Бориса и Глеба преподобным Ефремом и трудами ученика его преподобного Аркадия. В ней они оба были погребены после кончины.
В 1577 году, вскоре после открытия св. мощей преподобного Ефрема, архимандритом монастыря Мисаилом в церкви, построенной преподобным, с правой стороны, построена была придельная церковь во имя новоявленного Новоторожского чудотворца, преподобного Ефрема; а в 1589 году с левой стороны - другая, во имя св. богоотец Иоакима и Анны.
В 1784 году при преосвященном Иоасафе, епископе Тверском, и архимандрите монастыря Макарии постановили старую каменную церковь, построенную преподобным Ефремом, разобрать и построить новую. Древний иконостас каменной церкви частью помещен был в 1786 году в новоосвященной Входоиерусалимской церкви.
При заложении нового храма, соборной трёх-престольной Борисоглебской церкви, присутствовала лично Императрица Екатерина II, своими руками 9 июня 1785 года положила она первый краеугольный камень. Построение всего собора, сооружение иконостаса и живопись святых икон производились под смотрением сведущего в архитектуре действительного статского советника и кавалера Николая Александровича Львова и новоторжского архитектора Франса Ивановича.
Все местные большие и малые иконы были писаны в 1795 года известным художником Российской Императорской Академии поручиком Боровиковским. Иконостас был сделан деревянный, резной, покрыт червонным золотом. Храм устроили с тремя престолами в одну линию. Придел Иоакима и Анны переименован в новом храме в придел Великомученицы Екатерины, в честь императрицы Екатерины.
В 1839-40-х годах храм был обновлён, переделан и освящен Преосвященнейшим Григорием на новом антиминсе 1 июня 1841 года, при архимандрите Сергии III.
Купол храма - шарообразный, наподобие храма Христа Спасителя в Иерусалиме.
Среди храма, на правой стороне, между колоннами, на довольно возвышенном пьедестале были поставлены мощи преподобного Ефрема в серебряной раке, под бронзовой сенью, украшенной венецианским бархатом с золотою бахромою и кистями, а на левой стороне, на таком же пьедестале и под такой же сенью, помещена была серебряная рака с мощами преподобного Аркадия. Внутренние стены и колоны были сделаны под мрамор. Престолов сооружено три: средний -во имя св. благоверных князей Бориса и Глеба, на правой стороне - во имя преподобного Ефрема, а на левой - во имя преподобного Аркадия.
Главный престол был сделан из серебра, с колоннами и карнизами и местами позлащён. До революции внутреннее убранство собора оставалось таким же. До наших дней сохранялось только здание пятикупольного собора в стиле классицизма с безупречностью пропорций, но иконы, писанные А. Боровиковским, почти все погибли.
Теплая Введенская каменная церковь с колокольней воздвигнута была в 1620 году на месте древней деревянной церкви, истреблённой поляками в начале XVII века. В ней был сожжён архимандрит Константин с братией.
В 1879 году при архимандрите Антонии усердием купца И.К. Штанковского на левой стороне сей церкви устроен придел во имя св. праведных Богоотец Иоакима и Анны, который был освящен в том же году.
Между Введенской церковью и настоятельскими кельями стоит небольшая каменная, вероятно, построенная в 1717 году, церковь, бывшая долгое время без иконостаса и освящения.
После того, как разобрали древнюю Борисоглебскую церковь, она была снабжена старым иконостасом и образами; в 1786 году освящена архимандритом Макарием II по благословению Тверского Архиепископа Иоасафа во имя Христа Спасителя, в воспоминание Входа Его в Иерусалим.
На месте бывшей каменной церкви Воздвижения Честного Креста Господня в 1804-1811 годах, построена церковь над святыми вратами во имя Спаса Нерукотворённого Образа с колокольней в три яруса. Колокольня своей стройностью и красотой придаёт величественный вид всей обители.
Последним сооружением Борисоглебского монастыря стала Свечная башня, построенная в 1809 году. Она завершила комплекс монастырских башен и стен, строившихся с 1734 года. В ней располагалась монастырская библиотека, в которой по преданию Карамзин работал над своей "Историей государства Российского".
При монастыре были построены две каменные часовни: первая, сооружённая в 1811 году, находилась непосредственно при монастыре; другая, уступленная Городской думой в 1807 году, располагалась у реки Тверцы.
В 1717 году был построен настоятельский корпус, каменный в два этажа. Другой корпус, совершенно отдельный, тоже каменный, двухэтажный, состоял из одних братских келий и устроен был в 1818-19 годах.
В ряду монастырской стены, рядом с колокольней, в 1811 году выстроен двухэтажный флигель. В нижнем этаже помещались странники и приходящие богомольцы.
Кроме того, внутри монастыря имелся одноэтажный каменный флигель, примыкавший к настоятельским келиям, где помещались разные монастырские службы.